Заброшенные локации
Виллы, клубы, штабы и лагеря картелей, оставленные после облав, перестрелок и передела территории.
• Шанс находки: 82%
• Шанс травмы: 2%
• Доступно мест: 12 из 25

• Доступно мест: 12 из 25 - собственно вот это строка что означает, отчего и как открываются следующие места?

Брошенный транспорт
Доступно мест: 16 из 25

а вот тут я почти не искал, но тем не менее 16 открыто, а на Заброшенных искал много, но за последние два дня открылась лишь одна, было 11 из 25

Я так понял по мере роста крестового уровня будут открыватся

"Доступно мест: 12 из 25" - это не счётчик ваших поисков, а число локаций направления, открытых вам по уровням. У мест внутри направления свои пороги, и подразделы и сами объекты открываются сразу по боевому и квестовому уровню, а не за число обследованных мест.

Отсюда и разные числа в направлениях: наборы мест и их пороги у "Заброшенных локаций" и "Брошенного транспорта" свои. При этом само направление "Брошенный транспорт" доступно с 5-го квестового уровня, а "Заброшенные локации" открыты сразу.

Почему у вас за два дня стало 11 из 25, по одним счётчикам не скажу: счётчик реагирует на уровни, а не на поиски. Квестовый уровень поднимают операции (в том числе поиски), мелкие задания NPC и ежедневные мини-квесты. Подробности: https://www.gwars.io/help/index.php?sid=112