Возможно документы были под флагом или под клетками бота. В этом случае заходить искать регулярно раз в 10..20 минут (выходя минимум на 10 минут, если не нашли). Давным давно проходил, у меня так и вышло. Зачищал всех покемонов в округе и перезаходил через 10 минут. И да документ появился там где прибил покемошку.
Там кому как повезет. В большинстве случаев без запар люди все находят.