1. Если непись в режиме следования, то просто зачисляется урон не зависимо от оружия напарника и умелка качается исходя из общего урона на оружие в правой руке основы?
2. Фраги непися учитываются при расчете умелки основы?

Если опыт на основу, то всё что настрелял НПЦ идёт в виде урона на основу. Бонус умелки и опыта берётся с основы. Непись получает ноль.

Если опыт на НПЦ, то бонусы отдельно, урон отдельно.

Во первых, это надо поставить настройки "все на основу".
В конце боя просто весь урон непися начислят тебе (начиная с хода, когда ты появился в бою).
Сам факт убийства конкретно кем то на умелку никак не влияет нет при каких настройках.