В свободном плавании работает?

Вроде нет. Тока 2 бонуса работают в свободном - опыт, умка.
Остольное в режиме следования.

Работает.

Работает. Но сами вещи с бонусом ломаются.

5
Бонус прочности Помогает избежать поломки оружия в боях.
Только оружия!

6 именно так. Если в обычных боях снаряжение ломается от попадания, а оружие каждый бой, то в самокаче НПЦ снаряжение ломается по своему алгоритму.
И если обвешать НПЦ вещами на 10 БП, то оружие ломаться не будет, но сами вещи будут.