При возвращении в синдикат, где уже был набит синдикатный опыт и был знак. Знак возвращается автоматом или надо снова в ручном режиме выдавать?

Автоматом

Если тебе знак не удалил глава или кто-то у кого есть доступ, то знак будет у тебя.