1. выбираю навыки и сохраняю их, в руках пистолеты.
2. при смене комплекта остаются общие боевые навыки и снайперские винтовки, остальные навыки сбрасываются на НЕТ

Обнови комплект после выставления навыков

Так у каждого комплекта свое сохранение. И там в меню есть пункт, не применять сохраненные навыки в комплекте(сейчас более точно найду и сформулирую).

И ты вопрос так и не задал/задала.

Установи какие тебе надо навыки и пересохрани комплект.

или в настройках персонажа убери галку "привязывать навыки к комплектам"

5. Вот. Более точная формулировка ))

5+ одеть комплект-выставить навыки-сохранить комплект.
И так с каждым комплектом.

Тогда не надо в настройках отключать привязку к навыкам.