Подскажите, почему у меня при смене комплекта, или при смене гранаты скидываются
навыки на предыдущие, которые я делал. То и дело приходиться сохранять навыки
заново.

Навыки привязаны к комплектам. Пересоздании комплекты с навыками.

В настройках поставь галку "Не применять навыки из комплектов".

3 вот спасибо, не знал про эту галку.