Если восстанавливать накопленные квесты то они суммируются с теми, что
накопилось заново или заменяются имеющиеся?

Не понял...

2
Предположим, есть 100 сгоревших накопленных квестов, которые можно восстановить
через НПС.
Так же есть 20 новых накопленных квестов. Если через НПС восстановить 100
сгоревших квестов, то сколько будет на счету?
100 или 120?

Было 40
В наличии 20
Восстановление 1 квест
20+1 будет 21
Но не более 40

В твоём случае потолок 100 квестов

4
То есть НПС восстанавливает по одному накопленному квесту за раз?

6 потолок будет 100.