подскажите, что меняется с увеличением кармы у определенного NPC и у его
синдиката, к примеру Yakuza?

Увеличивается шанс того, что тебя пригласят в NPC синдикат

время выдачи квеста, и возможность вступить в нпс синд

соотношение кармы с временем выдачи квеста огласите

и необходимая для приглашения в синд NPC

[GanjaWiki : Задания_неигровых_синдикатов]