Можно ли что-бы вспомогательный персонаж был в одном синдикате с основой?

если это приносит прибыль основе то нет , а так можно но не желательно ( в одном
бою учавствовать нельзя)

нет

никаких пересечений, даже карму одному персонажу с обоих менять нельзя

Вся игра одно большое пересечение!

5
Если одновременн в одном синдикате - то, считай, уже пересеклись. Если же
сначала там побывал один, а потом второй - то ничего страшного.

А вообще, для решения щекотливых вопросов лучше пользоваться консультациями
http://www.gwars.io/messages.php?fid=49&tid=761898