если после успешного нападения на бункер продать ящики, ничего страшного не
произойдёт?

Буквально 1.5 месяца назад проходил этот квест - тогда эти ящики нельзя было
продать. Но ты не первый, кто с недавних пор пишет об их продаже.
Можешь, конечно, продать - но на свой страх и риск )

Так тебе осталься последний этап. Слетай поговори, забери шмот. Потом продавай.
Мешают они что ли?