Добрый вечер.
После смены оружия, слетает навык у штурмовых винтовок, ближний бой. Со всеми
остальными, такого не происходит.
В чем проблема?

в настройках есть галочка про сохранение навыков в комплектах.

Это понятно!
Почему с остальными навыками такого не происходит?

нужно либо отвязать навыки от комплектов, в настройках.
либо сохранить все комплекты по новой, сохранив перед каждым нужные для
комплекта навыки