Постоянно сбрасываются навыки на пистолеты, не могу понять в чём дело, стоит
только сменить комплект.

Сохрани все комплекты с нужными навыками

Сохранить комплект с навыками, есть такое.

Включи нужный навык и пересохрани комплект