раньше, при удалении всех тем, счетчик через некоторое время обнулялся и вновь
созданый топик имел вид ссылки примерно такой: /messages.php?fid=****&tid=1

подскажите, сейчас это не изменилось? и, если да, то сколько нужно ждать с
момента удаления?

У меня не обнулилось, ждал пару дней точно