Всегда беру квесту у одного и того же нпс, а именно у Якудзы, который в союзе с
Коморой...
Если я начну брать квесты у Коморы, понизится ли уровень отношений с Якудзой...?

нет

..при выполнении квестов будет даже повышаться незначительно вроде