В боях за бункер учитываются бонусы прогресса? Или не считаются "общими"
боями?

Получаемые в боях PvP (против живых противников) и опыт и умения, благодаря
Бонусу прогресса увеличиваются на N/15, то есть при N=15 удваиваются.

А бункер это с поками

Нет, не работают. Видимо, считаются как бои на ауте