Почему временами некоторые НПС исчезают с карты на какое-то время. Потом
объявляются в каком-то секторе. Они тоже на транспорте что ли передвигаются?

Не замечал... Может у них телепорт все же есть )

не исчезают они, просто пока ты в одном секторе ищешь - они уже в другом.