Частота появления увеличена и на мелкие в ящиках, рандомных которых? Или только , которые указаны на карте?

Подтверждения, что "частоту" именно повысили, нет. Сейфы бывают по точкам/на карте, и ещё могут выпадать из ящиков (видели с содержимым на 1к гб). Гайд: [GanjaWiki : Руководство:Сейфы]

Это частота относится только к тем сейфам, которые выпадают с координатами в конце каждого часа.