Будут ли к уже улучшенной (по программе др игры), но чистой, без мода броне, после улучшения липнуть моды? Спасибо.

Нет

На модули будут, они не синие. Только если в силовую переделать то уже моды не прилипнут. Так же и по оружию на модульное липнет на лазер нет

На бронь с двойными модулями моды липнут

Если речь о синьке, то к ней моды уже не липнут.
Если речь об улучшениях в виде расширенных модов, то да, липнут.