Подскажите, пожалуйста, почему при смене комплекта вооружения персонажа постоянно нужно заново включать навыки персонажа?

Потому что по умолчанию при сохранении комплектов сохраняются и выбранные навыки.

У вас есть два варианта:

1. Выбрать нужные навыки и пересохранить комплект.
2. Использовать настройку "Не применять навыки из комплектов" в https://www.gwars.io/info.edit.php

Понял, благодарствую за ответ.