А если перейти в другой синдикат и поучить процент рп на счёт, он засчитается как набранные рп за время марафона?

Попробуй, нам потом расскажешь

Скорее всего в зачёт пойдут только заработанные rp

Нет. Только набитые.
В противном случае - это баг и вам их обнулят потом и будете мучать тех.поддержку,но снесут в КН.