Почему в списке полезных бонусов перечислены не все бонусы которые я поставил приложениями?
https://www.gwars.io/item.php?item_id=16y_smartphone&m=838185
Или они даються, просто не написано?

Там перечислены все бонусы. Список очень большой, поэтому появляется скролл (полоса прокрутки). Возможно, что Ваш браузер некорректно отображает его. Попробуйте посмотреть в другом браузере.

Тыкнул в твой смартфон, все бонусы от установленных приложений на месте

да просто проматай вниз. Там однинаковые бонусы (от разных приложений) не суммируются, а указаны в разных местах.