Захожу расстовляю галочки в навыках и сохраняю. Потом после боя все сбрасывается как было. Не подскажете в чем причина?

Комплект оружия менял?

Либо поставь в настройках галку "Не применять навыки из комплектов".
Либо выставляй нужные навыки и пересохраняй комплект.