Есть у меня два комплекта.
В первом два скорпиона обычных (без модов/модулей)
Во втором мтар и скорпион но уже с модулем [D]
то есть 3 скорпиона в рюкзаке.

Если я одеваю комплект второй там все впорядке Мтар/скорпион [D]
а если первый получается скорпион/скорпион [D]
, хотя изначально в первом комплекте "указывал" на 2 стоковых.

В комплекте одевается то оружие, которое идет выше в списке. В твоем случае
только руками. Привязки к модам и модулям нет.

Комплекты не различают моды и модули, и оружие без них.
Только ручками подправлять.
Одевается сначала более старый (взятый в рюкзак раньше всех) ствол в правую
руку, потом следующий в левую.

Выставить в инвентаре оружие под самый используемый комплект, и подправлять под
другой