И в сете сохранял и без сетов, каждый раз все по новой. Как их выставить
нормально?

Включите, если не хотите, чтобы игра восстанавливала набор навыков,
установленный на персонаже в момент сохранения комплекта.
В настройках включи

Попробуй так:
1 надеваешь оружие и броню
2 сохраняешь комплект
3 выставляешь навыки
4 пересохраняешь комплект

Спасибо! Мучения позади:)