Прилетел на старый, убил нападающего, щелкаю по острову, но ни в одном секторе
нету нпс, который описан в гайде

Потому что когда проходишь сюжетный квест, PDA-режим нужно отключать.

Отключи его и проверь снова по секторам.

Спасибо