Завалил боса написано могу взять предмет, а его нет??

а он в инвентаре будет когда приплывеш

Предмет уже у тебя в инвентаре, попробуй посмотреть так:
http://www.gwars.io/items.php

Преобразователь просто в инвентаре появится поднимать ничего не надо.

3 сектора зачистил?

5
Ну босс же есть - значит, зачистил )

А что потом плыву на остров?

Плыви, но не забудь один момент - преобразователь заряжается плазмой. "Зарядить
преобразователь" и "Включить преобразователь" - это разные операции.