Выполнять обязательно в той последовательности как они идут по уровням или можно
пропустить квест комиссара джонсона?

можно

прохождение одного может быть обязательным условием появления другого. а так,
конечно необязательно

3+
Глянь требования к остальным квестам:
[GanjaWiki : Сюжетные_квесты]
Если там нет зависимости от квеста комиссара, то можешь и не проходить.

Понял.спасибо.