Может писали раньше, не увидел.
Если получить бонус после работы на производстве и устроиться на другое, где выдача раньше, то происходит наложение бонусов. И когда когда заканчивается время первых, то пропадают сразу все.

Они не пропадают, а просто не выдаются ибо не суммируются.
Выдадут в следующую выплату зп.

Бага нет.

Кстати, бонус синда таким образом накладывается и всё выдаётся, а вот с тематическими неделями - нет

В любом случае работаешь, но сидишь без бонусов. Устранить бы.