Регулярно "Личный враг" самостоятельно меняется на "Авиаудар". Иногда при смене
оружия, иногда через некоторое время.

Точно, если снять все и потом одеть комплект. Это нормально?

Навыки запоминаются в комплектах что ли?

запоминаются

Или пересохранить комплект с нужными навыками, или отключить их запоминание в
личных настройках установив галку на "Не применять навыки из комплектов".

В личных настройках
http://www.gwars.io/info.edit.php
есть такая опция:

В итоге есть 2 варианта решения проблемы:
1) включить настройку, чтобы навыки не были привязаны к комплектам;
2) нацепить нужный комплект; перейти на страницу навыков, выставить нужные и
сохранить; перейти на страницу вооружения и сохранить комплект (и так для
каждого комплекта с проблемным навыком).

Всем спасибо, не сталкивался и не знал.