Вступил в первый синдикат, а штрафы висят (стоимость погон, база)
Так и должно быть ?

Не у Вас одного такая проблема: https://www.gwars.io/messages.php?fid=17&tid=18507
Так что администрация в курсе.

Так то по смыслу надо штраф вешать не за выставление синд основным, а наоборот, когда какой то синд перестаёт быть основным