В случае если в инвентаре 2 одинаковых предмета (один с модом, другой без), используемых в разных сетах, при одевании сета с модифицированным предметом одевается тот, что без мода. Думаю, потому, что он в инвентарь попал раньше, хотя в этом сете сохранял предмет с модом. Это баг, или просто такова механика?

Комплекты никогда не различали предметы по модам. Надевается тот, который раньше в инвентаре лежит.