при смене навыка во время заявки в бою навык переключается а вот при выходе из
боя навык сбрасывается в предыдущее состояние. хотя кнопка сохранить нажата

В личных настройках
http://www.gwars.io/info.edit.php
есть такая опция:

В итоге есть 2 варианта решения проблемы:
1) включить настройку, чтобы навыки не были привязаны к комплектам;
2) нацепить нужный комплект; перейти на страницу навыков, выставить нужные и
сохранить; перейти на страницу вооружения и сохранить комплект (и так для
каждого комплекта с проблемным навыком).

Со вторым вариантом у меня ни разу не было проблем.