День добрый!
Выставляю навыки, но через какое-то непродолжительное время они возвращаются в
те, что были выбраны ранее..
как можно исправить этот баг?

Конкретней.
Какие навыки?
Через какое время?
На что возвращаются?

1 наверное у тебя в настройках стоит сохранение навыков с комплектами

Либо пересохранить каждый комплект с нужными навыками, либо в личных настройках
поставить галку "Не применять навыки из комплектов"

4+

В личных настройках
http://www.gwars.io/info.edit.php
есть такая опция:

В итоге есть 2 варианта решения проблемы:
1) включить настройку, чтобы навыки не были привязаны к комплектам;
2) нацепить нужный комплект; перейти на страницу навыков, выставить нужные и
сохранить; перейти на страницу вооружения и сохранить комплект (и так для
каждого комплекта с проблемным навыком).