Здравствуйте.
Я настраиваю навыки, нажимаю кнопку "Сохранить", и на следующем входе игры все остается по прежнему.

В настройках пункт "Не применять навыки из комплектов" отключен.

Навыки сохраняются с комплектами, нужно сохранить навыки в комплектах.

Или в настройках поставить галочку, там где вы сказали

Комплекты нужно сохранять, с сохранеными навыками

Спасибо за подсказку