Не сохраняются изменения навыков. Как тока выхожу из игры, все изменения
падают....

Не применять навыки из комплектов

Включите, если не хотите, чтобы игра восстанавливала набор навыков,
установленный на персонаже в момент сохранения комплекта

В личных настройках посмотри есть там галочка?

В личных настройках
http://www.gwars.io/info.edit.php
есть такая опция:

В итоге есть 2 варианта решения проблемы:
1) включить настройку, чтобы навыки не были привязаны к комплектам;
2) нацепить нужный комплект; перейти на страницу навыков, выставить нужные и
сохранить; перейти на страницу вооружения и сохранить комплект (и так для
каждого комплекта с проблемным навыком).