Они взаимодействуют друг с другом?

Пример. У меня 39 уровень, а следовательно минимум 18 виртуальная умку на всем.
Я с 13 умкой на ПП стреляю в бойца с антиумкой (20/2). Я буду стрелять какой
умкой? 11, 16 или 18?

с 16

а так тебе в ВИП же

Логично же, что ты с 18й стреляешь, так как она фактическая, -2=16.

А если реставратор, что я имею 20 умку и стреляю в 20/4? 16?

По-моему щас вообще как то этим уже не парится так как бонусы всё решат сверх
всех умок.

5 да если у тебя 20, а ты стреляешь в 24 то будешь бить как с 16

5 ОИ не калькулятор

[GanjaWiki : Умения_владением_оружием]
Почитай тут